Návrh schématu a řešení polypeptidového peptidového řetězce

I. Shrnutí
Peptidy jsou speciální makromolekuly, takže jejich sekvence jsou neobvyklé svými chemickými a fyzikálními vlastnostmi.Některé peptidy se obtížně syntetizují, zatímco jiné se syntetizují relativně snadno, ale obtížně se čistí.Praktickým problémem je, že většina peptidů je mírně rozpustná ve vodných roztocích, takže při našem čištění musí být odpovídající část hydrofobního peptidu rozpuštěna v nevodných rozpouštědlech. Proto jsou tato rozpouštědla nebo pufry pravděpodobně velmi nekonzistentní s použitím biologických experimentálních postupů, takže technikům je přísně zakázáno používat peptid pro jejich vlastní účely, takže následuje několik aspektů návrhu peptidů pro výzkumníky.

Návrh schématu a řešení polypeptidového peptidového řetězce
Za druhé, správný výběr syntetických obtížných peptidů
1. Celková délka down-regulovaných sekvencí
Peptidy s méně než 15 zbytky se snáze získají, protože se zvětšuje velikost peptidu a snižuje se čistota surového produktu.Vzhledem k tomu, že se celková délka peptidového řetězce zvyšuje nad 20 zbytků, je klíčové přesné množství produktu.V mnoha experimentech je snadné dosáhnout neočekávaných účinků snížením čísla reziduí pod 20.
2. Snižte počet hydrofobních zbytků
Peptidy s velkou převahou hydrofobních zbytků, zejména v oblasti 7-12 zbytků od C-konce, obvykle způsobují syntetické obtíže.To je považováno za neadekvátní kombinaci právě proto, že při syntéze se získá B-složený list."V takových případech může být užitečné převést více než dva pozitivní a negativní zbytky nebo vložit Gly nebo Pro do peptidu, aby se uvolnilo složení peptidu."
3. Downregulace „obtížných“ zbytků
"Existuje řada zbytků Cys, Met, Arg a Try, které se obecně nedají snadno syntetizovat."Ser se bude typicky používat jako neoxidační alternativa k Cys.
Návrh schématu a řešení polypeptidového peptidového řetězce

Za třetí, zlepšit správný výběr rozpustných ve vodě
1. Upravte N nebo C konec
V porovnání s kyselými peptidy (tj. záporně nabitými při pH 7) se ke zvýšení záporného náboje doporučuje zejména acetylace (acetylace na N-konci, C-konec vždy zachovává volnou karboxylovou skupinu).Pro bazické peptidy (tj. kladně nabité při pH 7) se však ke zvýšení kladného náboje zvláště doporučuje aminace (volná aminoskupina na N-konci a aminace na C-konci).

2. Výrazně zkraťte nebo prodlužte sekvenci

Některé ze sekvencí obsahují velké množství hydrofobních aminokyselin, jako je Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr a Ala atd. Když tyto hydrofobní zbytky překročí 50 %, není obvykle snadné je rozpustit.Může být užitečné prodloužit sekvenci, aby se dále zvýšily kladné a záporné póly peptidu.Druhou možností je downregulace velikosti peptidového řetězce pro zvýšení pozitivních a negativních pólů downregulací hydrofobních zbytků.Čím silnější jsou pozitivní a negativní strany peptidového řetězce, tím je pravděpodobnější, že bude reagovat s vodou.
3. Vložte do vody rozpustný zbytek
U některých peptidových řetězců může kombinace některých pozitivních a negativních aminokyselin zlepšit rozpustnost ve vodě.Naše společnost doporučuje N-konec nebo C-konec kyselých peptidů kombinovat s Glu-Glu.Byl uveden N nebo C konec bazického peptidu a poté Lys-Lys.Pokud nabitou skupinu nelze umístit, Ser-Gly-Ser lze také umístit na N nebo C konec.Tento přístup však nefunguje, když strany peptidového řetězce nelze změnit.