Peptidy pronikající do buněk jsou malé peptidy, které mohou snadno proniknout buněčnou membránou.Tato třída molekul, zejména CPP s funkcemi cílení, je příslibem pro účinné dodávání léčiv do cílových buněk.
Výzkum na něm má proto určitý biomedicínský význam.V této studii byly na úrovni sekvence studovány CPP s různými transmembránovými aktivitami, ve snaze zjistit faktory ovlivňující transmembránovou aktivitu CPP, sekvenční rozdíly mezi CPP s různými aktivitami a NonCPP a zavést metodu analýzy biologických sekvencí.
Sekvence CPP a NonCPP byly získány z databáze CPPsite a různých literatur a transmembránové peptidy (HCPP, MCPP, LCPP) s vysokou, střední a nízkou transmembránovou aktivitou byly extrahovány ze sekvencí CPP za účelem konstrukce souborů dat.Na základě těchto datových souborů byly provedeny následující studie:
1, Složení aminokyselin a sekundární struktury různých aktivních CPP a NonCPP bylo analyzováno pomocí ANOVA.Bylo zjištěno, že elektrostatické a hydrofobní interakce aminokyselin hrály důležitou roli v transmembránové aktivitě CPP a helikální struktura a náhodné svinutí také ovlivnily transmembránovou aktivitu CPP.
2. Fyzikální a chemické vlastnosti a délky CPP s různými aktivitami byly zobrazeny na dvourozměrné rovině.Bylo zjištěno, že CPP a NonCPP s různými aktivitami mohou být seskupeny pod některými speciálními vlastnostmi a HCPP, MCPP, LCPP a NonCPP byly rozděleny do tří shluků, což ukazuje jejich rozdíly;
3. V tomto článku je představen koncept fyzikálního a chemického těžiště biologické sekvence a zbytky tvořící sekvenci jsou považovány za částice body a sekvence je abstrahována jako částicový systém pro výzkum.Tato metoda byla aplikována na analýzu CPP promítáním CPP s různými aktivitami do 3D roviny metodou PCA a bylo zjištěno, že většina CPP se shlukovala dohromady a některé LCPP se shlukovaly společně s NonCPP.
Tato studie má důsledky pro návrh CPP a pochopení rozdílů v sekvencích CPP s různými aktivitami.Kromě toho lze metodu analýzy fyzikálního a chemického těžiště biologických sekvencí uvedenou v tomto článku použít také pro analýzu dalších biologických problémů.Zároveň je lze použít jako vstupní parametry pro některé problémy biologické klasifikace a hrají roli při rozpoznávání vzorů.
Čas odeslání: 15. června 2023